Die Arbeitsgruppen bestehen aus NAP-Projektnehmer, aus Spezialisten für die Erhaltung von Kulturpflanzen und sind durch die SKEK Geschäftsstelle koordiniert. Die Gruppen ermöglichen Synergien innerhalb der NAP-Projekte zu nutzen und neue Ideen und Lösungen für die Erhaltung oder die nachhaltige Nutzung der verschiedenen Kulturen zu finden.